行政院衛生署防疫中心(TCDC)的願景是透過團隊合作、運用專業技術以及積極投入以達成預防及治療疾病的目標。支持達成這個願景的原則包括靈活應變、信息接收、運用專業知識、專注投入及加強國際合作。防疫中心的使命扼要來說共有17項，是以致力於控制及消滅存在於人體內的致命病原為核心。這個重要使命的目的是要了解、防止2500種以上的疫情的暴發，以及為其作萬全的準備。當今世界上仍不斷有新傳染病毒出現,郤無法找到有效的治療方法及預防疫苗。病原毒當中有許多對現行常用之疫苗已產生抗藥性，為此防疫中心所背負之使命更顯得刻不容緩，以盡 力防止疾病迅速蔓延至全世界。